Занимает площадь 648,7 тыс. га, имеет по периметру 2-х километровую
охранную зону площадью 98,9 тыс. га. Территория заповедника включает часть
бассейнов рек Негусъях и Малый Юган – правых притоков, впадающего в Обь,
Большого Югана. Центральная усадьба заповедника расположена в пос. Угут,
наиболее крупным населенным пунктом вблизи заповедника с населением около 2
тысяч человек. Удаленность ближайшей и самой дальней точек заповедника от
центральной усадьбы составляет 30 и 160 км. Вблизи границ заповедника вдоль
рек традиционно живут немногочисленные семьи ханты. Лексные научные
исследования проводятся на двух стационарах: «Вуяяны» и «Когончины-2».
Здесь заложены учетные и фенологические маршруты, пробные площади,
проводятся работы по кольцеванию птиц.

С позиций сегодняшнего дня отчетливо видны своевременность создания
заповедника и разумно спланированные проектировщиками границы. Во времена
организации заповедника в южной левобережной части Сургутского района
практически отсутствовала какая-либо промышленность. В настоящее время
заповедник окружен нефтегазовыми месторождениями, большинство из которых
уже выставлены на тендер или сданы в аренду.
Растительный мир заповедника
Растительность заповедника относится к Обь-Иртышской геоботанической
провинции среднетаежной под зоны таежной зоны.

Зональным типом коренных лесных сообществ водоразделов являются елово-
кедровые с пихтой леса. Коренные леса в основном выгорели во время
катастрофических лесных пожаров прошлого века, сохранились лишь небольшие
участки. Елово-кедровые с пихтой леса имеют одно- или двухъярусное
строение. Первый ярус состоит из кедра, пихты, ели. Иногда в первом ярусе
присутствует второе поколение кедра. Древостой разрежен из-за того, что
старовозрастные ель и пихта отмирают; много сухостоя и валежника. Второй
ярус образован теми же хвойными породами более поздних генераций, выражен
весьма слабо или совсем отсутствует. Иногда второй ярус как таковой не
выражен, отдельные деревья растут в окнах, образовавшихся при отмирании
деревьев первого яруса. Напочвенный покров в этих лесах имеет мелкотравно-
зеленомошный состав.

На большей части территории заповедника преобладают вторичные леса,
представляющие различные стадии после пожарной сукцессии коренных лесов.

На водоразделах реки Негусъях преобладают мелкотравно-зеленомошные осиновые
леса; занимают повышенные формы рельефа с легко- и среднесуглинистыми
подзолистыми почвами. Первый ярус этих лесов представлен преимущественно
осиной в возрасте 130-140 лет. В состав древостоя входит сосна, кедр,
береза, единично ель и пихта. Осины, в большинстве своем, поражены грибными
болезнями, поэтому находятся сейчас на стадии отмирания. Второй ярус
образован темнохвойными породами: кедром, елью, пихтой. Возраст второго
яруса 100-120 лет. Наиболее характерными в травяно-кустарничковом ярусе
являются виды таежного мелкотравья. Проективное покрытие трав и
кустарничков от 15 до 30%. В моховом покрове доминируют гилокомиум
блестящий, плевроциум Шребера. Постоянно присутствуют политрихум
обыкновенный, дикраниум многоножковый.

Другим распространенным видом производных лесов являются сосновые леса,
которые преобладают на водораздельных поверхностях рек Вуяяны и Малый Юган.
Они расположены на хорошо дренированных холмах и подстилаются
легкосуглинистыми и супесчаными оподзоленными почвами. Первый ярус
образован сосной, иногда с участием кедра и березы бородавчатой. Второй
ярус темнохвойный или отсутствует. Травяно-кустарничковый ярус сомкнут на
25-35%. Преобладают кустарнички: черника, брусника, багульник, кроме того,
большая доля таежного мелкотравья: осоки шаровидной, хвоща лесного, линнеи
северной.

Сосняки лишайниковые (сосновые боры) в заповеднике почти отсутствуют.

На центральных слабо дренированных частях междуречий преобладают
олиготрофные сфагновые болота с грядово-мочажинными и грядово-мочажинно-
озерковыми фитоценозами, занимающие плоские вершины и пологие склоны
крупных болотных массивов. На более крупных склонах болот и не
дренированных междуречьях развиваются сосново-кустарничково-сфагновые
группы формаций (рямы). Микрорельеф рямов кочковатый, кочки занимают 40%
поверхности, высота кочек 0,4-0,7 м.

Осоково-гипновые болота низинного и переходных типов имеют в заповеднике
небольшое распространение.

Равнинность территории, удаленность от биогеографических (зональных) границ
определяет небольшое флористическое разнообразие. Сосудистых растений на
территории заповедника отмечено 334 вида, мхов – 113 видов, лишайников –
165 видов.
Флористическое разнообразие
|Группа растений |Число | | |
| |видов |родов | |
|Грибы |116 |219 | |
|- аскомицеты |13 |14 | |
|- базидиомицеты |103 |205 | |
|Лишайники |44 |165 | |
|Всего низших растений |160 |384 | |
|Мохообразные |47 |113 | |
|Сосудистые |189 |334 | |
|- папоротникообразные |11 |18 | |
|- голосеменные |5 |6 | |
|- покрытосеменные |173 |310 | |
|Из них синантропных | |18 | |
|Всего высших растений |236 |446 | |

В таблице приведено количество родов и видов, достоверно установленных в
заповеднике к настоящему времени.
Из видов растений и грибов, занесенных в Красную книгу, в заповеднике
встречаются: лобария легочная, надбородник безлистный, рогатик пестиковый и
ежевик коралловидный.
Животный мир
Изучение териофауны на территории заповедника началось с 1984 года
сотрудниками научного отдела. К 1999 году зафиксировано обитание 36 видов
млекопитающих, принадлежащих к 6 отрядам и 13 семействам.

Среди насекомоядных обычны и наиболее многочисленны представители семейства
землеройковых, предпочитающие темнохвойные пойменные леса, их численность в
сосновых лесах значительно ниже. Наиболее часто встречаются обыкновенная и
малая бурозубки, численность равнозубой и средней бурозубок значительно
ниже. Бурозубка-крошка очень редка, ежегодно отлавливаются лишь единичные
особи. По берегам рек и ручьев водится кутора.

Рукокрылые представлены семейством гладконосых летучих мышей. Отмечено
обитание единственного вида – северного кожанка, иногда попадающего в
паутинные сети при отлове птиц для кольцевания.

Отряд грызунов представлен 15 видами.

Численность белки в регионе (как и во всем ареале) подвержена резким
подъемам и спадам. Основным фактором, определяющим ее колебания, является
трофический. Динамика численности имеет огромный размах в зависимости от
урожая основных кормов, достигая по годам 10-12-кратного изменения
численности популяции. В неурожайные для хвойных растений годы отмечаются
массовые миграции, в ходе которых численность белки на непродолжительное
время в проходных биотопах поднималась до 500 особей на 1000 га.

Бурундук также распространен по всей лесопокрытой площади заповедника. В
оптимальные годы он достигает численности 20-30 особей на 1 км2. Широко
распространена, но малочисленна летяга. Из-за сумеречного образа жизни
регистрируется редко, предпочитает пойменные смешанные биотопы.

Важной составляющей фауны таежных биотопов являются мышевидные грызуны,
служащие основной пищей для различных хищников. В отловах доминирует
красная полевка, особенно высокой численности она достигает в пойменных
темнохвойных и сосновых зеленомошно-ягодниковых лесах в период массового
урожая ягод и кедровых орехов, когда посещаемость ловушек иногда достигает
100%. Рыжая полевка встречается значительно реже и в гораздо меньшем
количестве. Очень немногочисленна красно-серая полевка, еще реже
встречаются лесная и полевая мыши, а также темная полевка. В заболоченных
биотопах и на окраинах болот встречаются полевка-экономка и лесной лемминг.
Лесная мышовка обычно тяготеет к речным поймам, питаясь различными семенами
и ягодами. По берегам ручьев и рек с густой травяной растительностью
обитает водяная полевка, иногда образуя колониальные поселения.

Ондатра была акклиматизирована в Ханты-Мансийском округе в 1933-1937 гг. и
быстро достигла промысловой численности. Однако из-за эпизоотий и
неограниченного промысла ее запасы к настоящему времени значительно
снизились. В заповеднике ондатра заселяет реки, старицы и озера практически
по всей площади, однако высокой численности нигде не достигает.

В прошлом в междуречье Большого и Малого Югана жили речные бобры. Сейчас
ближайшим районом их обитания является бассейн реки Демьянки к югу от
заповедника. По непроверенным данным следы жизнедеятельности бобров в 1998
году отмечены вблизи охраняемой территории, в 15 км от юго-западного угла
заповедника.

Единственным представителем зайцеобразных является заяц-беляк. Встречается
во всех биотопах, включая обширные водораздельные болота. Наиболее
излюбленные места – поймы рек с густыми зарослями ивняка, где в
благоприятные годы достигает плотности населения до 50 особей на 1000 га.
Из хищных млекопитающих в заповеднике обитает 13 видов. Самый
многочисленный представитель семейства куньих, насчитывающего 8 видов,
соболь, запас которого в благоприятные годы составляет 2-2,5 тысячи особей.
Соболь относится к так называемому тобольскому кряжу, характеризующемуся
крупными размерами и светлой окраской меха. Отдельные самцы достигают веса
более 1 кг. Встречается повсеместно, однако предпочитает лесопокрытые
районы. Максимальной численности (до7-8 особей на 1000 га) достигает в
пойменных кедрово-еловых и елово-березовых с пихтой и кедром лесах, в
сосновых и смешанных лесах плотность населения несколько ниже (4-5 особей
на 1000 га). Численность подвержена значительным колебаниям, в зависимости
от урожайности и доступности основных кормов – мышевидных грызунов,
кедрового ореха, различных ягод.

Колонок в заповеднике очень редок, и отмечаются, как правило, единичные
встречи следов в зимний период. Другие мелкие куньи – ласка и горностай,
встречаются гораздо чаще. Численность ласки за последние годы значительно
возросла. Предпочитая темнохвойные и сосновые леса, она охотно также
посещает и обширные болота. Отмечены случаи прямого преследования мелких
куньих более сильным соболем, который вытесняет их из некоторых биотопов.

Барсук – очень редкий на территории заповедника вид, численность которого
невысока. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи самих зверей и следов
их жизнедеятельности по всей территории.

Обычна и широко распространена росомаха. В заповеднике обитает около 20-30
животных.

Впервые американская норка в округе была выпущена в 1940 году. С тех пор
она многократно размножилась и заняла все пригодные местообитания. Выдра
встречается значительно реже, однако также является обычным обитателем
многих водоемов заповедника.

Во время зимних миграций возможен заход в заповедник песца. В поймах
крупных и средних рек обычна лисица, численность которой в последнее время
повысилась. Изредка отмечаются встречи с животными, имеющими темную окраску
меха, так называемыми чернобурками. Большинство сведений о таких встречах
поступает с р.Малого Югана.

Редок в заповеднике волк. Его распространение ограничивает низкая плотность
копытных и глубокоснежные зимы. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи
пар и одиночек, часто пасущих стада северных оленей.

На охраняемой территории и в прилегающих районах очень редко встречается
рысь.

Повсеместно встречается бурый медведь. Стациальное размещение и плотность
зависят от наличия и сроков созревания основных кормовых растений. Весной и
осенью он часто встречается на открытых болотах. Плотность популяции в
оптимальных биотопах составляет около 0,9 особей на 1000 га.

Копытные представлены двумя аборигенными видами – лосем и северным оленем.
В 1990-1991 гг. в заповеднике были отмечены единичные особи кабана,
предположительно расселившегося из партии, выпущенной в бассейне
р.Демьянки. Однако кабаны здесь не прижились, последние следы отмечены в
1992 году.

Численность северного оленя по результатам авиаучетов за последние 10 лет
значительно снизилась. Основной причиной этого – возросший в связи с
расширением нефтегазодобычи вблизи границ заповедника фактор беспокойства.
По результатам последних авиаучетов в 1996 году плотность популяции в
болотных биотопах составила 1,1 особи на 1000 га.

Излюбленные местообитания лося – пойменные темнохвойные и смешанные леса.
Обилие подроста мелколиственных пород привлекает его на возобновляющиеся
гари и старые вырубки. Охотно использует для передвижения и кормежки
сейсмологические профили, прорубленные до организации заповедника.
Максимальной плотности достигает в бассейне р.Негусъях, до 1,2 особи на
1000 га.

Фауна земноводных в заповеднике насчитывает 4 вида. Широко распространены
серая жаба и остромордая лягушка, а также сибирский углозуб. Очень редко
встречается сибирская лягушка.

Из пресмыкающихся отмечены 2 вида – ящерица живородящая и обыкновенная
гадюка. Ящерица живородящая – обычный в заповеднике вид, встречается по
всей территории, предпочитает хорошо освещенные, разреженные лесные участки
и опушки болот. Гадюка обыкновенная – обычна, в определенные годы местами
многочисленна, предпочитает влажные биотопы, часто встречается по берегам
озер, стариц, в кочкарниках на опушках леса вблизи болот, на верховых
болотах.

Птицы
Основными направлениями орнитологических исследований в заповеднике
являются инвентаризация орнитофауны, фенология птиц, кольцевание, контроль
за состоянием популяций видов, включенных в Красную книгу России, изучение
вопросов динамики численности и др. На стационаре Когончины-2 в пойме
р.Негусъях проводится отлов птиц паутинными сетями для кольцевания. В
течение 10 лет в заповеднике окольцована 13531 особь 103 видов птиц.

На территории заповедника отмечено 93 вида отряда воробьиных (вместе с
залетными).

Тетеревиные Юганского заповедника представлены типичными таежными видами –
рябчик, тетерев, глухарь и белая куропатка. Известны редкие залеты
перепела, относящегося к семейству фазановых.

Единственным представителем семейства аистовых является черный аист –
представитель Красной книги России. Он хотя и редко, но регулярно
встречающийся в заповеднике и в регионе. Очень редко встречается большая
выпь из семейства цапель.

Еще в начале 20 века на территории Сургутского района обычным был белый
журавль (стерх). Теперь он здесь не встречается. Единственным
представителем семейства журавлиных является серый журавль, гнездящийся в
небольшом количестве на обширных болотах. Чаще встречаются в заповеднике
другие представители этого отряда – виды семейства пастушковых: коростель,
погоныш. В регион также залетают лысуха и камышница.

В заповеднике встречается гусь-гуменник таежного подвида. Гуменник из
заповедника зимует в Голландии (имеется возврат кольца), т.е. на территории
округа гнездится гуменник западного подвида, более малочисленного, чем
восточный. Достаточно широко распространен лебедь-кликун. В последние годы
стали отмечаться залеты пеганки, которую относят к группе видов, активно
осваивающих новые территории.

Самым массовым видом утиных является чирок-свистунок. Он заселяет все
водоемы – поймы рек, озера и озерки среди болот. Ему несколько уступает в
численности гоголь, который также заселяет все типы водоемов. Сильно
варьирует численность свиязи. Но в целом этот вид относится к группе
обычных, как и шилохвость, которая заселяет болота с озерками. Группу
немногочисленных видов составляют чирок-трескунок, луток, хохлатая чернеть,
красноголовый нырок. Кряква, обычная в других местах, в условиях таежных
междуречий с узкими поймами встречается редко. На пролете перечисленные
виды дополняют морская чернеть, морянка, турпан, синьга, большой и средний
крохали, белолобый гусь, а также пискулька и краснозобая казарка,
занесенные в Красную книгу.

Самыми обычными приречными видами отряда Ржанкообразных являются перевозчик
и черныш. На болотах полуколониально гнездятся большие веретенники
совместно с чибисами, фифи, турухтанами и обыкновенными бекасами. В глубине
болотных массивов обычны средние кроншнепы. Отдельно от других видов на
болотах у небольших озерков гнездится большой улит. Изредка на реках
заповедника встречается мородунка, а на болотах длиннопалый песочник,
гаршнеп и обыкновенный дупель. В последнее десятилетие отмечено сокращение
численности единственного лесного кулика – вальдшнепа. Известны залеты
лесного дупеля. Кулик-сорока, изредка встречающийся на пролете, требует
уточнения подвидовой принадлежности. Материковый подвид кулика-сороки,
включен в последнее издание Красной книги. Группу пролетных дополняют
бурокрылая ржанка, галстучник, зуёк, щёголь и др. Гнездование зуйка
известно на Большом Югане. Большой кроншнеп встречается редко.

Чаще всего объектами наблюдений из отряда Соколообразных являются редкие,
но хорошо заметные в природе виды – орлан-белохвост и скопа. Беркут
встречается редко. Крайне редко, и только на пролете, встречается сапсан.
Пребывание кречета на территории заповедника нуждается в подтверждении. Все
эти виды – представители Красной книги России. Самыми обычными
представителями дневных хищников являются перепелятник и чеглок. Достаточно
обычны – осоед, полевой лунь и обыкновенный канюк. Тетеревятник чаще
встречается в зимнее время и на пролете осенью. В летнее время встречи с
ним редки. На пролете обычным видом является зимняк и дербник. Известен
залет кобчика.

Отряд Совообразных на территории заповедника представлен 7 видами. Филин –
самая крупная сова – включен в последнее издание Красной книги России. В
последнее время самыми обычными совами являются бородатая неясыть и
мохноногий сыч. Длиннохвостая неясыть немногочисленна. Самая маленькая сова
– воробьиный сыч, достаточно обычен. Самой малочисленной совой является
ястребиная. Болотная сова, совершающая регулярные сезонные миграции, очень
подвержена колебаниям численности.
Рыбы
На территории заповедника отмечено постоянное обитание 10 видов рыб, и еще
2 вида изредка регистрируются в прилегающих районах. В различных водоемах
заповедника встречаются щука, окунь, ерш, плотва сибирская, язь, елец,
золотой и серебряный караси, а также пескарь и гольян. На Большом Югане
очень редко отлавливались нельма и налим.