В 1952 году коммунистическое правительство приняло на вооружение советскую модель высшего образования, основанную на узкоспециализированных факультетах. В рамках данной системы часть подразделений Шанхайского университета инкорпорировали в состав новых образовательных учреждений, создаваемых коммунистическими властями. В то же время ряд инженерных факультетов других учебных заведений включили в состав вуза, чтобы усилить его инженерную специализацию. Все это продолжалось в течение 1950-х годов. Так, в 1956 году снова отдельные факультеты университета перевели в западные провинции Китая, где на их основе создали несколько новых образовательных учреждений. После этого учебное заведение получило название, существующее и поныне, — Шанхайский университет «Цзяо Тун».

Естественно, в 1950-е — 1960-е годы проводили чистки студенческого и преподавательского состава от всяких «буржуазных элементов» и «уклонистов», «оппортунистов» и «ревизионистов», что приобрело просто невиданный размах — тысячи преподавателей и студентов отправили на «перевоспитание» в сельскую местность, заключили в концлагеря, а то и просто убили.